La natura geologicamente variegata delle Alpi Lepontine e il regime climatico mitigato dai grandi corpi lacustri Lario e Ceresio hanno permesso l'affermazione di una flora ricca e variegata.

Nei settori settentrionali del territorio (alte Valli Cavargna, Sanagra e Rezzo) poggianti sulle rocce metamorfiche del Basamento cristallino crescono specie neutro-acidofile che sopravvivono e si riproducono sui suoli acidificati da queste tipologie rocciose.

Il settore meridionale, composto in prevalenza da rocce carbonatiche (Dolomie e Calcari selciferi) costituenti l'ossatura dai monti Griante, Grona, Pidaggia, Tremezzo, Torrione-Fiorina, favorisce l'ingresso di specie basofile che, a differenza delle precedenti, tollerano l'alcalinità dei calcari.

Senza addentrarsi in una trattazione dettagliata delle specie censite, ci soffermeremo sulla flora rara ed endemica in cui rientra un complesso di specie aventi distribuzione mondiale limitata, in genere localizzata tra il lago di Garda e il lago di Como.

Tra gli endemismi diffusi sui substrati calcarei ricordiamo: la carice candida (Carex baldensis), il raponzolo chiomoso (Physoplexis comosa), la campanula dell'arciduca (Campanula Raineri), l'erba regina (Telekia speciosissima), la primula lombarda (Primula glaucescens), la carice subalpina (Carex austroalpina), l'aquilegia di Einsele (Aquilegia einseleana), l'euforbia insubrica (Euphorbia variabilis) e molte altre specie di indiscutibile rarità.

Sebbene sia meno ricca del calcare, anche la flora silicea ospita numerose specie di interesse scientifico-naturalistico, tra le tante: la dafne rosea (Daphne striata), il bupleuro stellato (Bupleurum stellatum), l'androsace di vandelli (Androsace vandelli), il millefoglio del granito (Achillea moschata) e il senecione abrotanino (Senecio abrotanifolius).

L'endemismo più importante è l'androsace delle orobie (Androsace brevis), considerata una delle specie più rare della flora italiana.

L'altro aspetto caratterizzante la flora delle Alpi Lepontine è la presenza di numerose fanerogame e crittogame di origine mediterranea e submediterranea che hanno trovato un rifugio sicuro in questo territorio; ne sono un esempio: l'erica arborea, il falso sommacco (Cotinus coggygria), la valeriana rossa (Centranthus ruber), la serapide maggiore (Serapis vomeracea), la pteride di Creta (Pteris cretica) ma soprattutto la piantumazione dell'ulivo da parte dei magno greci che qui ha trovato una delle sedi più settentrionali al mondo.
La peculiarità climatica ha permesso altresì la creazione di splendidi giardini addobbati di rigogliose essenze esotiche che in altri luoghi non potrebbero esistere.

Gran parte della vegetazione è composta da boschi, praterie e pascoli collegati a numerose associazioni vegetali che rendono il quadro paesaggistico enormemente vario.

I boschi occupano una fascia altitudinale compresa tra i 220 e i 1800 m, differenziandosi dai fondovalle in: querceti (carpineti), castagneti, faggete e conifere (abetaie o mughete).

L'aspetto più interessante è rappresentato dal querceto misto (Orno-ostryon) a orniello (Fraxinus ornus), carpino nero (Ostrya carpinifolia) e roverella (Quercus pubescens) che presenta cospicue infiltrazioni di specie mediterranee come lo stesso orniello (Fraxinus ornus), il bagolaro (Celtis australis), l'alloro (Laurus nobilis) e il pungitopo (Ruscus aculeatus).

A maggiori altitudini segue la fascia del castagno (Castanea sativa) e del faggio (Fagus sylvatica) che si concretizza con la massiccia presenza di ampi lembi di faggeta.

Il bioclima lariano non favorisce l'affermazione delle conifere (abete rosso o abete bianco) che, soprattutto per l'abete rosso, sono state introdotte in epoca successiva (1950-1960).

Unica eccezione è la diffusione naturale del pino montano o barancio (Pinus mugo) che in Valsola struttura un'importante mugheta.

Le vegetazioni boschive sono intercalate da numerose tipologie di prateria differenziate in funzione della disponibilità idrica e dell'attività antropica, come nel caso dei pascoli che rivestono gran parte del territorio.

Il mosaico paesaggistico è ulteriormente arricchito dalla presenza di montagne, valli e balze rocciose che, degradando in prossimità dei laghi, originano ambienti di indiscutibile bellezza.

Decisamente rilevante è la presenza della torbiera Lago del Piano, raro "serbatoio" lombardo di fanerogame palustri (trifogliofibrino, ninfee, lenticchie d'acqua, ecc) sempre meno numerose a causa delle bonifiche.